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Anatomy of the bacillus subtilis cell envelope stress response
Anatomy of the bacillus subtilis cell envelope stress response
The bacterial cell wall withstands the turgor pressure and is an essential structure for most bacteria. The lipid II cycle is responsible for transporting cell wall building blocks across the cytoplasmic membrane by means of the carrier molecule undecaprenyl phosphate (UP). One essential step is the recycling of undecaprenyl pyrophosphate (UPP) to UP by UPP phosphatases. This step is targeted by bacitracin, an UPP-binding anti-microbial peptide (AMP). In the course of this thesis, the effect of deletion and depletion of bacitracin resistance modules and UPP phosphatase genes on the cell envelope stress response in Bacillus subtilis was evaluated. The main resistance determinant against bacitracin, the ABC-transporter BceAB was found to be homeostatically regulated “to need” by flux-sensing of its own activity. The full effect of the secondary layer of resistance determinants, consisting of the UPP phosphatase BcrC and the phage shock protein-like response of the Lia-system, is only revealed in the absence of BceAB. For the first time, a resistance phenotype for LiaIH toward bacitracin was reported. The genes uppP and bcrC encode UPP phosphatases and were found to be synthetic lethal. Depletion of either UPP phosphatase in a double mutant background lead to bulging cells in exponential growth phase. BcrC is the main UPP phosphatase during growth. In contrast, UppP is primarily responsible for normal sporulation. The generation of UP in the lipid II cycle is essential and can be impaired by (i) addition of the UPP-binding AMP bacitracin, (ii) deletion and depletion of UPP phosphatases (BcrC and UppP), or, to a limited degree, (iii) deletion of the undecaprenol kinase (UDPK) DgkA. There is a marked difference in the CESR toward these challenges: while the addition of bacitracin activates two damage driven promoters, PliaI and PbcrC, a lack of UPP phosphatases or DgkA is only detected by the latter. This indicates that the blocking of UPP with bacitracin has a different effect on the cell envelope than the shortage of UPP phosphatases. Our analysis of the dephosphorylation of UPP in B. subtilis lays another cornerstone for the holistic understanding of the lipid II cycle., Die bakterielle Zellwand ist für die meisten Bakterien überlebensnotwendig, zum Beispiel um dem Turgor entgegenzuwirken. Sie besteht aus Zucker-Peptidbausteinen, deren Auf- und Abbau komplex reguliert ist. Für die Anlieferung der Bausteine ist der Lipid II-Zyklus mit dem Transportmolekül Undecaprenylphosphat (UP) zuständig. Nach Einbau des Zellwandbausteins liegt das Transportmolekül als Undecaprenylpyrophosphat (UPP) vor und wird von UPP-Phosphatasen zu UP dephosphoryliert, um wiederverwendet werden zu können. An diesem essentiellen Schritt greift das Peptidantibiotikum Bacitracin an, indem es an UPP bindet und so das Recycling verhindert. Eine Blockade des Lipid II-Zyklus führt zu fehlerhafter Zellwandsynthese mit entsprechenden morphologischen Phänotypen, sowie zur Aktivierung der Zellwandstressantwort. In dieser Arbeit wird die Dephosphorylierung von UPP in Bacillus subtilis in zwei Aspekten genetisch untersucht. Zum einen wird unter Bacitracinstress beobachtet, wie die nativen Sensoren und Resistenzmechanismen in Abhängigkeit voneinander reagieren. Zum anderen werden die Auswirkungen eines UPP-Phosphatase-Defizits beleuchtet. Der ABC-Transporter BceAB ist die primäre Resistenzdeterminante gegen Bacitracin. Seine Anzahl wird durch homöostatische Selbstregulierung an den aktuellen Bedarf angepasst, indem die Aktivität der Transporter als Signal für deren Auslastung verwendet wird. Die sekundären Resistenzdeterminanten, die UPP-Phosphatase BcrC und LiaIH (wobei LiaH Ähnlichkeit zum Phagenschockprotein A aufweist), werden schadensabhängig induziert. Ihr volles Potential wird nur in Abwesenheit von BceAB sichtbar. Zum ersten Mal wurde gezeigt, dass LiaIH Resistenz gegen Bacitracin vermitteln kann, obwohl deren Expression bei Bacitracinstress schon seit über zehn Jahren bekannt ist. Außerdem konnte gezeigt werden, dass die Gene bcrC und uppP der UPP-Phosphatasen BcrC und UppP ein essentielles Paar bilden. Die Depletion dieser Phosphatasen in einer bcrC uppP Doppelmutante führte zu gewölbten Zellen in der exponentiellen Wachstumsphase. BcrC stellt die Haupt-UPP-Phosphatase während des Wachstums dar, wohingegen UppP für die ordnungsgemäße Sporulation benötigt wird. Die (Wieder-)Herstellung von UP ist für den Lipid II Zyklus essentiell und kann auf drei Arten gestört werden: (i) Zugabe von Bacitracin, welches UPP bindet und die Dephosphorylierung verhindert, (ii) Deletion und Depletion der UPP-Phosphatasen BcrC und UppP, oder, in geringem Umfang, (iii) Deletion der Undecaprenol-Kinase DgkA. Hierbei zeigt sich ein drastischer Unterschied in der Zellwandstressantwort. Während durch Bacitracin zwei schadensabhängige Promotoren aktiviert werden, PliaI und PbcrC, ist bei UPP-Phosphatase- oder DgkA-Mangel nur letzterer aktiv. Dies deutet darauf hin, dass diese Eingriffe auf die Bildung von UP verschiedene molekulare Konsequenzen haben, die unterschiedlich detektiert werden. Unsere Untersuchung der UPP-Dephosphorylierung legt einen weiteren Grundstein für das umfängliche Verständnis der Funktion und Regulation des Lipid II Zyklus und der Zellwandbiosynthese.
Bacitracin, Lipid II cycle, undecaprenyl phosphate, LiaIH, BcrC, UppP, BceAB, UPP
Radeck, Jara
2017
English
Universitätsbibliothek der Ludwig-Maximilians-Universität München
Radeck, Jara (2017): Anatomy of the bacillus subtilis cell envelope stress response. Dissertation, LMU München: Faculty of Biology
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Abstract

The bacterial cell wall withstands the turgor pressure and is an essential structure for most bacteria. The lipid II cycle is responsible for transporting cell wall building blocks across the cytoplasmic membrane by means of the carrier molecule undecaprenyl phosphate (UP). One essential step is the recycling of undecaprenyl pyrophosphate (UPP) to UP by UPP phosphatases. This step is targeted by bacitracin, an UPP-binding anti-microbial peptide (AMP). In the course of this thesis, the effect of deletion and depletion of bacitracin resistance modules and UPP phosphatase genes on the cell envelope stress response in Bacillus subtilis was evaluated. The main resistance determinant against bacitracin, the ABC-transporter BceAB was found to be homeostatically regulated “to need” by flux-sensing of its own activity. The full effect of the secondary layer of resistance determinants, consisting of the UPP phosphatase BcrC and the phage shock protein-like response of the Lia-system, is only revealed in the absence of BceAB. For the first time, a resistance phenotype for LiaIH toward bacitracin was reported. The genes uppP and bcrC encode UPP phosphatases and were found to be synthetic lethal. Depletion of either UPP phosphatase in a double mutant background lead to bulging cells in exponential growth phase. BcrC is the main UPP phosphatase during growth. In contrast, UppP is primarily responsible for normal sporulation. The generation of UP in the lipid II cycle is essential and can be impaired by (i) addition of the UPP-binding AMP bacitracin, (ii) deletion and depletion of UPP phosphatases (BcrC and UppP), or, to a limited degree, (iii) deletion of the undecaprenol kinase (UDPK) DgkA. There is a marked difference in the CESR toward these challenges: while the addition of bacitracin activates two damage driven promoters, PliaI and PbcrC, a lack of UPP phosphatases or DgkA is only detected by the latter. This indicates that the blocking of UPP with bacitracin has a different effect on the cell envelope than the shortage of UPP phosphatases. Our analysis of the dephosphorylation of UPP in B. subtilis lays another cornerstone for the holistic understanding of the lipid II cycle.

Abstract

Die bakterielle Zellwand ist für die meisten Bakterien überlebensnotwendig, zum Beispiel um dem Turgor entgegenzuwirken. Sie besteht aus Zucker-Peptidbausteinen, deren Auf- und Abbau komplex reguliert ist. Für die Anlieferung der Bausteine ist der Lipid II-Zyklus mit dem Transportmolekül Undecaprenylphosphat (UP) zuständig. Nach Einbau des Zellwandbausteins liegt das Transportmolekül als Undecaprenylpyrophosphat (UPP) vor und wird von UPP-Phosphatasen zu UP dephosphoryliert, um wiederverwendet werden zu können. An diesem essentiellen Schritt greift das Peptidantibiotikum Bacitracin an, indem es an UPP bindet und so das Recycling verhindert. Eine Blockade des Lipid II-Zyklus führt zu fehlerhafter Zellwandsynthese mit entsprechenden morphologischen Phänotypen, sowie zur Aktivierung der Zellwandstressantwort. In dieser Arbeit wird die Dephosphorylierung von UPP in Bacillus subtilis in zwei Aspekten genetisch untersucht. Zum einen wird unter Bacitracinstress beobachtet, wie die nativen Sensoren und Resistenzmechanismen in Abhängigkeit voneinander reagieren. Zum anderen werden die Auswirkungen eines UPP-Phosphatase-Defizits beleuchtet. Der ABC-Transporter BceAB ist die primäre Resistenzdeterminante gegen Bacitracin. Seine Anzahl wird durch homöostatische Selbstregulierung an den aktuellen Bedarf angepasst, indem die Aktivität der Transporter als Signal für deren Auslastung verwendet wird. Die sekundären Resistenzdeterminanten, die UPP-Phosphatase BcrC und LiaIH (wobei LiaH Ähnlichkeit zum Phagenschockprotein A aufweist), werden schadensabhängig induziert. Ihr volles Potential wird nur in Abwesenheit von BceAB sichtbar. Zum ersten Mal wurde gezeigt, dass LiaIH Resistenz gegen Bacitracin vermitteln kann, obwohl deren Expression bei Bacitracinstress schon seit über zehn Jahren bekannt ist. Außerdem konnte gezeigt werden, dass die Gene bcrC und uppP der UPP-Phosphatasen BcrC und UppP ein essentielles Paar bilden. Die Depletion dieser Phosphatasen in einer bcrC uppP Doppelmutante führte zu gewölbten Zellen in der exponentiellen Wachstumsphase. BcrC stellt die Haupt-UPP-Phosphatase während des Wachstums dar, wohingegen UppP für die ordnungsgemäße Sporulation benötigt wird. Die (Wieder-)Herstellung von UP ist für den Lipid II Zyklus essentiell und kann auf drei Arten gestört werden: (i) Zugabe von Bacitracin, welches UPP bindet und die Dephosphorylierung verhindert, (ii) Deletion und Depletion der UPP-Phosphatasen BcrC und UppP, oder, in geringem Umfang, (iii) Deletion der Undecaprenol-Kinase DgkA. Hierbei zeigt sich ein drastischer Unterschied in der Zellwandstressantwort. Während durch Bacitracin zwei schadensabhängige Promotoren aktiviert werden, PliaI und PbcrC, ist bei UPP-Phosphatase- oder DgkA-Mangel nur letzterer aktiv. Dies deutet darauf hin, dass diese Eingriffe auf die Bildung von UP verschiedene molekulare Konsequenzen haben, die unterschiedlich detektiert werden. Unsere Untersuchung der UPP-Dephosphorylierung legt einen weiteren Grundstein für das umfängliche Verständnis der Funktion und Regulation des Lipid II Zyklus und der Zellwandbiosynthese.