A genome-wide analysis of protein-protein interactions in Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV)

Abstract

ZUSAMMENFASSUNG Das Kaposi Sarkom assozierte Herpesvirus (KSHV) oder humanes Herpesvirus 8 (HHV-8) ist das zuletzt entdeckte humane Herpesvirus. Es gilt als das infektiöse Agens des Kaposi Sarkoms (KS), des Primary Effusion Lymphoms (PEL) und der Multicentric Castleman’s Disease (MCD). Ähnlich wie andere Spezies der Familie der Herpesviren kodiert es für die vergleichsweise hohe Zahl von mindestens 89 viralen Proteinen. Die meisten von ihnen wurden bisher nicht näher funktionell charakterisiert. Um nähere Informationen über die Funktion dieser Proteine zu erhalten, wurde im Rahmen dieser Studie eine genomweite Analyse von viralen Protein-Protein-Interaktionen durchgeführt. Zu diesem Zweck wurden alle KSHV „open reading frames“ kloniert und in einer Yeast two-hybrid (Y2H) Matrix Analyse auf Protein-Protein Interaktionen gescreent. In diesen Screen wurden sowohl komplette Proteine als auch Protein-Fragmente eingefügt, so dass insgesamt mehr als 12.000 virale Protein-Interaktionen getestet und letztlich 125 Protein-Interaktionen identifiziert werden konnten (71 % der bisher bekannten intraviralen Protein-Interaktionen konnten in dieser Studie ebenfalls nachgewiesen werden). Um die Ergebnisse aus dem Y2H-Screen abzusichern und um ein Set von „high-confidence“-Interaktionen zu generieren, wurden alle positiven Y2H-Interaktionen erneut duch Co-Immunoprezipitationen (Co-IP) getestet. Auf diese Weise konnten zirka 50 % der Interaktionen bestätigt werden. Die erweiterte bioinformatische Analyse des viralen Protein-Interaktionsnetzwerkes zeigte deutliche Unterschiede zu zellulären Netzwerken auf. Diese Studie bietet zudem eine Vielzahl neuer biologischer Ansätze an, welche es künftig noch im Detail zu untersuchen gilt. Weiter könnten diese Untersuchungsergebnisse zu einem vertieften Verständnis der viralen Pathogenese und möglicherweise zu neuen Ansatzpunkten für therapeutische Strategien führen.

• Item Type: Thesis (Dissertation, LMU Munich)
• Keywords: KSHV, Herpesviren, Protein-Protein-Interactionen, Netzwerke, Y2h-Screen
• Dewey Decimal Classification: 600 Technology, Medicine > 610 Medical sciences and medicine; 600 Technology, Medicine
• Faculties: Faculty of Medicine
• Language: English
• Date Accepted: 19. October 2006
• 1. Referee: Haas, Jürgen
• Persistent Identifier (URN): urn:nbn:de:bvb:19-60796
• Signature of the printed copy: 0700/UMD 11844